Le club du Football Club Morteau-Montlebon (auparavant FC Val du Haut Doubs) est né de la fusion de l'US Morteau et SC Montlebon le 15 juillet 1994.
    
A la fin des années 80, la volonté du club de Montlebon a été de créer un club composé des clubs suivants: Les Fins US, Villers SC, Le Chateleu, Morteau et Montlebon. A la tête de ce projet, Denis Sire fervent partisan d'une fusion, président de Montlebon, alors en Division Honneur, a soumis ce projet qui s'est heurté aux esprits de cloches déjà, à l'idée de "prédominance" sportive (Villers avait déjà joué en DH mais déclinait, Les Fins, sur la pente ascendante, a joué jusqu'en PH). Le Chateleu était quasiment favorable (50/50 au Comité). La "peur" de voir surgir une trop grosse structure a fait échouer les négociations.
Revenu à la charge en 1993, le projet de fusion est passé de 5 à 2 voire 3 clubs. Le Chateleu décidait à 13 contre 12, le soir même de la réunion décisive Morteau/Montlebon, de dire oui, mais la courte et tardive majorité n'a pas convaincu notre assemblée.
Morteau périclitait alors en seniors mais avait un potentiel jeune intéressant, Montlebon descendait de DH, avec quelques équipes de jeunes (dont les Cadets en Excellence Ligue).  
La mouture prenait forme en 1994. La "A" allait redescendre de PH et la "B" monter en PL rejoindre la "A". Avec deux équipes au même niveau ce ne fût pas évident aux départs.
La politique "jeunes" se mettait en place par Thierry Vernier. Il y avait tout à construire. Suivait Stéphane Begel puis Joël Amiotte qui amenaient nos équipes jeunes (18 ans, 15 ans, 13 ans, benjamins) en championnat de Ligue 10 ans plus tard, "quand l'union fait la force".
Les dirigeants se sont toujours bien entendus sans fausse note au jour d'aujourd'hui. Plus question de Montlebon ou Morteau, on parle du "Val". La proximité des villages et le "brassage" des hommes habitants Montlebon puis Morteau et inversement, y a été pour beaucoup. Aussi l'intelligence des gens, qui ont fait table rase des vieilles rancoeurs passées, des jalousies, des envies, des "coups bas" et leur désir d'aller de l'avant pour le foot, pour les jeunes, sans intérêt personnel.

Le FCMM a gravit les échelons de la Promotion de Ligue à la Division Honneur. Autrefois dans les championnats de district chez les jeunes, nous avons hissé nos équipes au niveau ligue (Championnat de Franche-Comté).
    C'est pourquoi, aujourd'hui nous sommes parmi les 20 plus gros clubs de Franche-Comté.
    Le club est aussi efficace dans la formation des jeunes puisque chaque année, nous "perdons" des joueurs qui s'expatrient dans des plus grands clubs comme le Besançon Racing Club par exemple.
    En partenariat avec le collège Jeanne D'Arc, nous avons créé la section sportive football qui s'est développé petit à petit.